大部分肾小球疾病是Ⅲ型变态反应或免疫复合物沉积性变态反应引起的。
(一)循环免疫复合物沉积
免疫复合物(抗原-抗体复合物)在血循环中形成，它们随血液循环流经肾脏时，在肾小球内沉积下来，引起肾小球损伤。循环免疫复合物的抗原可为外源性和内源性，但均为非肾小球性(即不属于肾小球本身的组成成分)。外源性抗原(如细菌、病毒、异种蛋白、药物等)和内源性抗原(如DNA、甲状腺球蛋白、肿瘤抗原等)均可刺激机体产生相应抗体，抗原和抗体在血液循环中结合而形成循环免疫复合物。
人体血循环中的各种免疫复合物是否能在肾小球内沉积并引起肾小球损伤，取决于免疫复合物的大小、溶解度和携带电荷的种类等。通常认为，抗体明显多于抗原时，常形成大分子不溶性免疫复合物，这些免疫复合物常被吞噬细胞所清除，不引起肾小球损伤。相反，抗原明显多于抗体时，形成小分子可溶性免疫复合物，这些免疫复合物不能结合补体，且易通过肾小球滤出，也不引起肾小球损伤。只有当抗原稍多于抗体或抗原与抗体等量时，所形成的免疫复合物能在血液中保存较长时间，随血液循环流经肾小球时沉积下来，引起肾小球损伤。
(二)原位免疫复合物形成
肾小球本身的固有成分，在某种情况下成为抗原；或非肾小球抗原进入肾小球后与肾小球某一成分结合而形成植入性抗原，均可刺激机体产生相应抗体。抗原与抗体在肾小球局部结合，形成的免疫复合物称原位免疫复合物(in situ immune complex)，并引起原位免疫复合物肾小球肾炎(in situ immune complex glomerulone nephritis)。
(1)肾小球固有成分 目前已知的可作为靶抗原的肾小球固有成分有如下几种：①可诱发抗GBM性肾小球肾炎和肺出血肾炎综合征的肾小球基底膜抗原包括：层粘连蛋白、胶原的α链和Ⅳ型胶原α3链的非胶原区(NCI)、蛋白聚糖、巢蛋白等；②β1整合素等上皮细胞抗原成分可诱发膜性肾小球肾炎；③可诱发系膜增生性肾小球肾炎的系膜抗原有系膜基质抗原、细胞表面抗原Thy1.1；④抗内皮细胞抗原有血管紧张素转换酶抗原。
(2)植入性抗原 非肾小球抗原进入机体，首先与肾小球某一固有成分结合，形成植入抗原，刺激机体产生相应抗体，抗原抗体在肾小球内原位结合形成免疫复合物引起损伤，引起肾小球肾炎。可引起肾小球肾炎的植入性抗原有：免疫球蛋白、细菌、病毒和寄生虫等感染的产物和某些药物等。
(三)细胞免疫在肾小球肾炎发生中的作用
多数类型的肾小球肾炎是抗体介导的免疫损伤引起的。但研究表明，某些肾小球肾炎的发生和进展与细胞免疫(cell-mediated immunity)密切相关。在人类和实验动物的肾小球肾炎均可见一些肾小球内存在激活的巨噬细胞、T细胞，这些细胞的产物在疾病的发生和进展中起作用；人类和实验动物肾小球肾炎的体内和体外实验表明，在引起肾小球肾炎的抗原的刺激下，淋巴细胞均可被激活；将淋巴细胞人为地去除后，肾小球的损伤可减轻或消退；将实验性肾小球肾炎动物个体的T细胞移植给另一个体可引起受者肾小球发生与供者相同的组织学改变。实验性新月体性肾小球肾炎，抗肾小球基底膜抗体可通过激活淋巴细胞亚型启动或促进肾小球损伤。在肾小球硬化过程中，淋巴细胞和巨噬细胞释放的淋巴因子和细胞因子刺激系膜细胞增生，使系膜基质增加，引起肾小球硬化。
(四)肾小球肾炎发生中的炎症介质
肾小球内免疫复合物形成或沉积仅是引起肾小球肾炎的致炎因子，真正的炎症形成尚需炎症介质(mediators of inflammation)参与。参与肾小球肾炎形成的重要炎症介质有：
1. 补体的激活 沉积的免疫复合物可以激活补体(complement)。激活的补体有多种生物学活性，主要的是：C5b～9形成的膜攻击复合物可使细胞溶解破坏。另外，在激活过程中产生多种蛋白水解片断和生物活性物质，引起炎症反应，如C3a、C4a和C5a可激发细胞释放组织胺等血管活性物质，使毛细血管通透性增加，C5a又是阳性趋化物质，可吸引白细胞。
2. 炎细胞及其产物 中性白细胞、巨噬细胞、淋巴细胞、自然杀伤细胞和血小板等可产生多种蛋白溶解酶、细胞、血管活性物质等，参与变质、渗出和增殖等炎症过程。
3. 肾小球固有细胞及其产物 肾小球固有细胞(系膜细胞、内皮细胞和上皮细胞)受刺激和活化后，可分泌多种介质，如多肽细胞因子(白介素1,6,8、上皮细胞生长因子、转化生长因子、血小板衍生生长因子、胰岛素样生长因子、集落刺激因子、肿瘤坏死因子等)，生物活性酯、蛋白酶、胶原酶、凝血及纤溶因子、活性氧等，并可产生粘附糖蛋白和基质成分，促进增生和硬化。