病理学检查的结果最终要体现在病理诊断报告书中。因而，病理诊断报告书是一份具有法律效应的重要医疗文件。所以，病理医师应及时、准确、简明地描述送检病例全部有关的资料和检查结果，做出某种形式的病理诊断，必要时还要向临床或患方说明一些问题。临床医生应当熟悉了解报告书的各项内容及其确切含义。
病理报告书一般分5个部分：①患者的基本信息，如姓名、性别、年龄、临床诊断、取材部位等。②送检标本肉眼检查所见。③光镜下组织学或细胞学改变的描述。④病理诊断，可分几种形式表述(详见下述)。⑤附注，注明要向临床或患方说明的问题。在病理会诊时第②、③项可以省略。
病理诊断在病理报告书的各项内容中是最重要的部分。它一般应当写明器官、组织名称，再加上形态学诊断(包括疾病或病变的名称，类型，如为恶性肿瘤，尽可能地注明分化程度、浸润程度、有无转移等)。
但由于前述诊断局限性各种原因，病理诊断会受到不同程度的影响，因而病理诊断在表述上常用下列几种形式，其含义也就各不相同：①明确的或基本明确的疾病诊断：明确的疾病病理诊断是指不加任何修饰词，直接写明××器官(组织)××病(瘤、癌)。基本明确的病理诊断是指病变性质已明确，如炎症、良性病变、恶性病变等，但在每类病变中是属于哪一种疾病，还不能做出肯定的判断，如“炎性肉芽肿”进一步再分是结核病的还是真菌性的，有时判断不清；“恶性肿瘤”是癌还是肉瘤？或者“癌”是腺癌还是鳞癌？由于分化低，不易判明。有时也能指出一定的倾向性，如恶性肿瘤(癌的可能性大)，等等。这在大多数情况下，也能为临床诊断和治疗提供很大帮助，因而也属基本上确诊。对病理上基本上确诊的病例，临床可以按其确诊的范围(具体到病或某一类病)作依据，进行诊治，病理诊断应对此负责。②不能完全肯定或有所保留的诊断：是指由于各种因素影响，不易判定病变性质或是哪种疾病，特别对那些仅具备部分诊断标准的病变，常常以这种诊断形式表述，即多在“明确诊断”表述形式的前或后加上不同的不太确切含义的修饰词：如“考虑为……”、“倾向于……”、“符合……”、“疑似……”或“……可能性大”等字样。这种表述的病理诊断，临床医生不能作为完全可靠的依据，应根据自己掌握的实际情况处理。根据不同情况，只能作为重要的参考，或者结合病理诊断，做出自己的诊断进行治疗；或者再进一步检查或观察。③描述性诊断，是指送检组织不能满足对各种疾病或病变的诊断要求，如全为血块、坏死或仅有正常组织等。因而按所观察到的结果进行描述。在诊断栏内，只能写出“见描述”或“参考所见”等字样。这样的诊断多数对临床没有什么帮助，还需要进一步检查确诊。④阴性病理诊断，是指送检组织过小、因牵拉和挤压失去正常结构或标本处理不当，无法辨认病变等，则简要说明原因后，写明“不能诊断”或“无法诊断”等字样。除查找原因、汲取教训外，临床医生只能再做检查确诊。