随着临床检验技术和影像医学的发展，有不少疾病在经过临床有关检查后就能做出临床诊断。然而，除功能、代谢紊乱为主的疾病外，就大多数有明确器质性病变的疾病而言，无论目前的临床检查技术多么进步，病理诊断仍然是无法取代的、最可靠和最后的诊断。如对任何可触及的肿块或经影像学检查出的占位性病变，还是对内窥镜中见到的各种病变，都需经病理活检才能确诊，即对病变的性质、种类及程度等做出正确的判定。例如一位40多岁的妇女子宫颈肥大伴有糜烂，是慢性炎症还是癌？无论是临床医生物理检查，还是做超声诊断、CT或MRI(核磁共振成像)，都无法确诊是不是癌，如果是癌，是鳞癌还是腺癌？是原位癌还是早期浸润癌？唯有进行病理学检查，如做宫颈病理活检，则既能明确是否是癌、是哪种癌，又能判定是原位癌还是原位癌累及腺体，还是早期浸润癌，而且对后者可判明浸润深度和广度。
对患者疾病进行诊断的直接目的就是为了治疗，所以治疗的正确与否关键在于诊断是否正确。前已述及病理诊断是最可靠的诊断，所以正确的病理诊断，对临床采取有效、合理的治疗就显得尤为重要，特别是对恶性肿瘤等重大疾病的治疗，更是关键。例如上述的宫颈癌，如病理诊断为原位癌或累及腺体，临床只做宫颈锥形切除术治疗，治愈率近100%，且可不影响生育；如癌已浸润深度>5mm、宽度>7mm，则不属早期癌，应当全切子宫甚至扩大切除其它组织器官。
病理诊断对许多疾病，特别是恶性肿瘤，能提供许多形态学参考(如肿瘤的组织学类型、浸润的程度、有无转移等)，均能作为判定疾病程度和预后的指标，例如，同样是浸润性乳腺癌尚无转移，普通类型的导管癌10年存活率为30%，而特殊类型的粘液腺癌则为70%以上；一般浸润程度轻或无转移的癌比浸润广泛或有转移的癌预后要好。
同一患者通过两次以上的病理活检可对疾病发展的取向和治疗效果做出更确切的判断，如对白血病患者进行骨髓移植，在移植前、后要做骨髓活检，才能确切地判断白血病细胞是否被杀灭、移植的骨髓细胞是否存活以及免疫排斥反应的情况等。
为科学研究积累宝贵的资料；为提高临床诊断水平服务以及为发现新病种、新类型做贡献等等。
诊断病理学在临床诊疗实践中是举足轻重的。尽管它再重要，也和其它科学一样，不是万能的，更不是绝对正确的，由于主、客观因素的制约，也必然有其局限性。了解这些制约因素，尽量减少可以避免的因素，才能减少病理的误诊和漏诊；只有了解病理诊断也有其局限性，才能正确地、有条件地评价它的重要性和地位。
1.来自送检临床方面的因素 临床医生由于受到条件限制、知识结构缺陷或责任心不强，常可导致病理诊断出现困难：①送检病理检查的取材不规范 如患者皮下长一包块，不按规范取材，仅取包块表面组织，可能仅为正常皮肤，看不到包块的实质成分及其与周围组织关系，可导致漏诊或无法确诊。还有几种常见情况：如内窥镜下进行肿物取材，只取到炎性渗出物、粘液分泌物、凝血块或坏死组织等，无法做出正确的病理诊断；虽已取到肿物的主要成分，但因取材时挤压、牵拉较重，使组织细胞严重变形，无法确诊。②取出的组织标本固定或送达不规范 如手术切除的组织、器官常常需要立即固定，固定不透，或未固定，时间长会造成腐败，而影响病理诊断；③未能提供病理诊断所需的临床资料 病理诊断是由病理医生做出的，以病变形态学为主的一种判断。在多数情况下，既要依靠形态学变化特征为客观指标，又要结合临床资料、运用自己的理解和经验进行主观的鉴别和判断，是一种既不能跟临床诊断跑，又不能完全脱离临床的复杂智力劳动，因而必须有相关的临床资料作参考，否则会误诊甚至弄出笑话。如多数骨肿瘤的诊断，必须是临床——放射线——病理三结合才能做出正确的诊断；有些疾病与性别有关，而有些则与年龄密切相关，有些疾病与部位有密切关系；还有些疾病没有特异性病变，必须结合临床的某些比较特异性的表现才能确诊等等。总之，临床医生必须重视这一点，因此，除了做到正确取材、固定、送达外，还必须填好病理检查申请单，应逐项认真填写，必要时还应与病理医生互相沟通，达到减少病理诊断的局限性，提高诊断率。
2.来自病理标本制作技术方面的因素 这也是一个制约病理医生做好病理诊断的客观因素，由于技术人员的水平、经验、责任心或器材、试剂等方面的原因，可能在对送检标本的处理上，如固定、包埋、制片、染色等环节上达不到规范要求；均可给病理诊断造成不同程度的困难，而由于责任心不强，造成编号错误、张冠李戴，一旦发出诊断报告，则后果更为严重。这些方面与临床医生关系不大，故不详述。
制约病理医生做出正确病理诊断的主观因素有很多，下述三个方面需要临床医生了解，有助于互相理解和共同提高诊断水平。
1.诊断病理学涵盖面太广与病理医生个人知识面有限之间的矛盾 现今诊断病理学不但涵盖各个外科系统，而且涵盖五官、皮肤、妇产、各内科系统、儿科等，几乎包括临床所有学科，可见病种之多，而且每个病种，又有不同类型、早、中、晚期等等，一个病理医生精力有限，既要掌握上述这些疾病、类型、病程的病变形态特点，又要熟悉他们的临床情况，实践表明这是非常困难的。因此会出现一些掌握不好、经验不到的薄弱环节，导致诊断出现失误。因而，当前趋势是，大的综合医院病理医生要发展“一专多能”，同行间不同的专长互相补充；另一个是在专科医院里培养专科病理医生。
2.病理医生的层次和个人理论技术素质的差异 这点和其它学科一样，不同职称和相同职称不同个体的思维方式和业务能力都会有所差异，因而在病理诊断能力上也不会完全相同，有时则会出现不同程度的差误。
3.病理诊断的主观性和经验积累方面的矛盾 病理诊断虽然是以病变的形态特征为基础做出的，但对于千差万别的病变，有限的形态特点是不够的，多数情况下，还要不同程度地运用临床资料、病理理论、技术和个人的经验等进行分析、综合、鉴别诊断才能做出比较合乎实际的诊断。因而病理诊断也常常是带有较大主观性的判断，主观判断就不可避免地有与客观实际分离的时候，若减少这种分离，在理论和技术达到某一水平时，主要是靠积累经验弥补，所以临床医生也要重视病理医生的实践经验。
除上述三方面之外，还有一点值得一提，即有少数疾病，特别是肿瘤，其病变本身就是处在两病交界或良恶交界的状态，因而成为疑难病例，加之病理诊断的主观性较强，这样病例请几位有造诣的病理专家会诊，也常会得出两种以上相反的诊断，甚至请一位专家在相隔半年以上，两次会诊同一病例，也会得到两种不同的诊断，可见病理诊断的主观性和复杂性。当然，不能因为病理诊断局限性和难度大，而排斥其重要性和必要性，更不应成为病理误诊的借口，病理医生还应精益求精。