意识障碍、特别是意识丧失的病人通常会降低或失去各种自我保护反射和对外环境变动的适应能力，极易出现各种各样的继发性损害；导致意识障碍的病因在损害脑干网状结构和大脑皮层的同时，常常也会涉及各种生命中枢，导致各种生命功能的调控障碍，直接威胁病人的生命。因此，意识障碍、特别是昏迷，是一个对机体有严重危害的病理过程。
呼吸功能障碍是昏迷病人极常见的一类损害。其主要的发生机制包括：
各种颅内病变、弥漫性的脑损害常常导致颅内压升高，进丽引起压迫脑干、延髓或桥脑，导致昏迷。脑干受压常引起呼吸节律和深度的改变，通常引起通气不足，导致缺氧和CO2潴留；延髓也受压，甚至导致呼吸停止。有的病人在昏迷早期因呼吸中枢受刺激，也可出现过度换气，使PaCO2下降。
意识障碍病人会厌反射迟钝，咳嗽反射减弱，常使异物呛人气道，且气道的清除能力下降；昏迷病人又常因治疗需要做气管插管、气管切开置管、吸痰管、吸氧管等各种气道侵入式医疗、护理操作，使昏迷病人极易台并肺部感染。重症的肺部感染不但导致呼吸功能障碍，其引起的高热、大量毒索的吸收、PaO2下降及PaCO2的升高等又将进一步加重意识障碍。
意识障碍和昏迷病人失去了对自身需求的主观感觉和主动调节能力，如对体液容量和渗透压调节相关的渴感及主动饮水行为；与体温调节相关的冷热感；与机体物质和营养代谢相关的饥饿感以及对其进行的主动调节行为等；使病人时刻面临水和电解质平衡紊乱的威胁。因治疗需要对昏迷病人又使用脱水、利尿剂等可能进一步加重内环境紊乱。中枢的损害也常常会波及一些内环境稳定相关的调节中枢，如渗透压调节中枢，口渴中枢等，使病人的内环境稳定的自我调控能力明显下降。因此，在昏迷的整个病程中，各种不同的水、电解质、酸碱平衡紊乱都可能出现，如高钠、低钠血症，脱水、水肿，水中毒，高钾、低钾血症以及各种类型的酸碱失衡。继发性水、电解质、酸碱平衡紊乱又会进一步加重病人的意识障碍。
在意识障碍的发生发展过程中，除引起意识障碍的许多原发病因可导致脑灌流不足外，脑水肿、颅内压升高造成的脑循环障碍、血管活性因子失常导致的脑血管痉挛、继发性呼吸功能障碍引起的脑缺氧等，常常引起继发性脑灌流不足，导致脑功能的进一步损害，加重意识障碍。
继发于昏迷的功能代谢障碍多种多样。如：若病损波及体温调节中枢，导致体温调节障碍，病人可出现过热或体温过低。丘脑下部和脑干受压可引起上消化道的糜烂、出血，出现应激性溃疡。昏迷病人不能主动进食，加上原发病引起的分解代谢增强，病人基本上处于负氮平衡，若无适当的营养支持，常可在短期内出现营养障碍。昏迷病人常由于脑的病变或中毒、代谢异常等因素出现抽搐，持续的抽搐可造成神经细胞和血脑屏障的严重损害，进一步加重意识障碍，并严重扰乱呼吸和循环功能。