肠外阿米巴病(extraintestinal amoebiasis)包括阿米巴肝脓肿、肺脓肿、脑脓肿，皮肤阿米巴病以及阿米巴性心包炎、阴道炎、尿道炎、前列腺炎等，其中以阿米巴肝脓肿最为常见。
1．阿米巴肝脓肿 多继发于肠阿米巴病后1—3月内，亦可发生于肠道症状消失数年之后。阿米巴滋养体可侵入肠壁小静脉，经门静脉系统侵入肝脏，亦可从结肠肝脏接触面直接侵入。如侵入的滋养体数量较多，可引起肝脏小静脉炎及周围组织的炎症反应。滋养体不断分裂繁殖，造成肝组织液化坏死形成小脓肿。滋养体从坏死组织向周围扩散，使脓肿不断扩大，邻近的小脓肿可融合成单个大脓肿。80％脓肿位于肝右叶，其原因可能与肝右叶占全肝4/5，接纳原虫机会较多，以及肠阿米巴病好发部位盲肠和升结肠的血液，由肠系膜上静脉－门静脉回流多进入肝右叶有关。
肉眼观，脓肿大小不等，大者几乎占据整个肝右叶，如儿头大。脓肿腔内容物呈棕褐色果酱样，系液化性坏死和陈旧性出血混合而成。炎症反应不明显，尤其缺乏嗜中性粒细胞，故与—般化脓菌引起的脓肿不同，只是习惯上沿用“脓肿”一词，但有时也可合并细菌感染而形成真正的脓肿。脓肿壁上原有汇管区结缔组织、胆管、血管等较肝实质细胞不易被液化而残存，形成破絮状外观。慢性脓肿周围则有较多肉芽组织和纤维组织包绕。
图示：阿米巴肝脓肿。肝脏切面见一巨大空腔， 肝组织坏死、液化，切开后流失。
镜下，脓肿腔内为液化性坏死红色无结构物质，在坏死组织与正常组织交界处常可找到阿米巴滋养体。
临床上患者常有发热伴右上腹痛、肝肿大及肝区压痛扣击痛等症状和体征，少数病例出现黄疸。慢性病例有进行性消瘦、贫血、衰弱、营养不良、腹水等表现。
阿米巴肝脓肿如继续扩大并向周围组织溃破，可引起膈下脓肿或腹膜炎、肺脓肿和脓胸、胸膜一肺一支气管瘘等，也可穿入腹腔器官（胃、肠及胆囊等）。
2．阿米巴肺脓肿 较少见，有原发性和继发性之分，前者系血行播散所致，后者系阿米巴肝脓肿穿破横膈直接蔓延而来，占阿米巴肺脓肿的绝大多数。因此脓肿常位于右肺下叶，单发多见。镜下可见局限性肺炎伴脓肿形成。肺脓肿可破入支气管，以致病人咳出含有阿米巴滋养体的巧克力色内容物。
3．阿米巴脑脓肿 较少见，多因肠、肝和肺的阿米巴滋养体经血道进入脑而引起，常见于大脑半球。脓肿外壁很薄，内壁模糊，内容物为巧克力色坏死液化物。此种脓肿的特征为无菌性。镜下可见液化性坏死物质，脓肿壁由慢性炎细胞和增生的神经胶质细胞构成，内层可查见变性神经细胞和滋养体。患者可有惊厥、狂躁、幻觉及脑瘤样压迫症状。如脓肿破入脑室或蛛网膜下腔，则出现高热、头痛、昏迷等症状，患者常于72小时内死亡。