细胞凋亡时，其表面的微绒毛消失，并逐步脱离与周围细胞的接触。胞浆脱水，胞膜迅速发生空泡化，细胞体积逐渐缩小，出现固缩。内质网不断扩张并与胞膜融合，形成膜表面的芽状突起，称为出芽。晚期核质高度浓缩融合成团，染色质集中分布在核膜边缘，呈新月形或马蹄形分布，称为染色质边集。线粒体和溶酶体的形态结构变化不大。胞膜皱缩内陷，分割包裹胞浆，形成泡状小体称为凋亡小体。小体内的成分主要是胞浆、碎裂的核物质和亚微结构。凋亡小体形成后迅速被邻近细胞吞噬、消化。整个凋亡过程没有细胞内容物的外漏，因而不伴有局部炎症反应。