流式细胞术（flow cytometry, FCM）是一种单细胞定量分析和分选的新技术，可对单个细胞逐个地进行高速准确的定量分析和分类。
流式细胞仪的主要工作原理是让荧光染色细胞在稳定的液流推动装置作用下通过小孔并排列成单行，每个细胞依次而且恒速通过激光束的照射区，细胞受激光照射后发生散射光和荧光。通过检测散射光可知细胞的体积，检测荧光可知细胞DNA或RNA的含量。细胞样品被检测后即形成一连串均匀的液滴，其形成速度约每秒3万个，而细胞通过小孔（喷嘴）的速度在每秒2000个以下。由此计算，平均每15个液滴中有一个液滴包有细胞，而其它液滴无细胞。由于液滴中的细胞是已被测定的细胞，因而，如其特性与被选定要进行分选的细胞特性相符，则仪器在含有这个细胞的液滴形成时就使其带有特定的电荷；否则，液滴不带电荷。带有电荷的液滴向下落入偏转板的高压静电场时，依据自身所带电荷性质发生向左或向右偏转，落入各自的收集容器中。不带电荷的水滴就进入中间废液容器，从而实现细胞分选的目的。
因此流式细胞计可同时检测单个细胞DNA、RNA、细胞体积等参数，进行细胞周期与细胞凋亡的研究；并可分析细胞表面或细胞内的各种抗原、蛋白、酶、细胞因子和粘附分子以及基因表达产物；还可在无菌条件下，以高速对活细胞进行分类收集，其纯度达90~99%。此外还可应用于酶活性、细胞内和细胞膜受体、表面电荷、细胞内pH、细胞和线粒体膜电位、细胞浆和膜结合的钙离子、膜的完整性、流动性、通透性或微粘度等功能研究。