比较基因组杂交技术(comparative genome hybridization,CGH)的基本原理是用不同的荧光染料分别标记正常人基因组DNA与肿瘤细胞DNA，然后与正常人中期染色体杂交，通过检测染色体上两种荧光（红、绿）的相对强度比率，两组DNA相异部分会显出颜色偏移，可计算出DNA的缺失与放大，从而了解肿瘤组织DNA拷贝数的改变，并能同时在染色体上定位(图)。
这样的方法使我们只要从新鲜组织或石蜡包埋肿瘤组织中提取少量DNA，就可进行全基因组检测。应用CGH技术检测癌变过程中的不同阶段，肿瘤进展的不同时期及不同类型肿瘤的非随机性染色体改变，有助于从分子细胞遗传学角度了解肿瘤的发生发展，对发现肿瘤遗传学标记，初步查寻肿瘤相关基因的位置均具有重要意义。其对检测原癌基因扩增较为灵敏，但对检测基因缺失敏感性则相对较弱。
食管癌细胞系CGH图