(一)直接诊断法
常用于针吸细胞学，即与组织病理学诊断一样做出直接明确的诊断，如乳腺髓样癌、甲状腺滤泡癌、淋巴结转移癌等。
(二)间接诊断法
常用于针吸细胞学以外的临床细胞学诊断。间接诊断法方法较多，如二级法、三级法、四级法、巴氏五级法和子宫颈上皮内瘤变(CIN)诊断法等。其中四级法应用最为广泛。
1．二级法
阴性——未查见恶性细胞。
阳性——查见恶性细胞。
2．三级法
阴性——涂片中仅为正常及炎症变性细胞。报告未查见瘤细胞。
可疑——涂片中找到一些异型细胞，不能肯定为癌细胞。报告查见可疑癌细胞。
阳性——发现肯定的癌细胞。报告查见癌细胞。
3．四级法
阴性——涂片中仅为正常及炎症变性细胞。报告未查见瘤细胞。
间变(核异质)细胞——涂片中找见异型细胞倾向于真正的间变细胞，但不能排除高度异型的炎症变性细胞及不典型的癌细胞。报告查见核异质细胞。
癌疑——涂片中找到一些异型细胞，基本符合癌细胞的标准，但因数量过少或形态不典型，所以不能排除癌细胞的可能性。报告查见可疑癌细胞。
阳性——发现肯定的癌细胞。报告查见癌细胞。
四级法报告定性明确，并且在阳性报告中注明癌细胞的组织分型；在阴性报告中亦要描述涂片中的特殊发现。如滴虫性阴道炎、胸腹水中查见大量淋巴细胞、痰中查见霉菌等。
4．巴氏五级诊断法和子宫颈上皮内瘤变(CIN)诊断法
巴氏五级诊断法是用罗马数字，表示宫颈/阴道脱落细胞学的分类诊断法。
I级：未见异型细胞或不正常细胞。
Ⅱ级：细胞学有异型性但无恶性证据。
Ⅲ级：细胞学怀疑为恶性但证据不足。
Ⅳ级：细胞学高度怀疑恶性。
V级：肯定为恶性。
子宫颈上皮内瘤变(CIN)，作为子宫颈癌前病变的统一名称，包括子宫颈上皮不典型增生至原位癌的连续过程。WH0采用并推广，提出宫颈癌诊断应采用描述性诊断和CIN分级。根据上皮不典型增生的程度和范围，CIN分三级：I级：相当于轻度不典型增生，异型细胞局限于上皮层的下1/3区域；Ⅱ级：相当于中度不典型增生，异型细胞占上皮层下1/2-2/3区域，细胞异型明显，核质比例增加，极性稍乱；Ⅲ级：相当于重度不典型增生和原位癌，异型细胞显著增多，超过上皮层的下2/3，胞核异型性大，深染；若异型细胞占据上皮层全部，则为原位癌。