细菌是一类具有细胞壁的单细胞微生物。它形体微小，结构简单，无典型的细胞核，只有核质，无核膜和模仁不进行有丝分裂，除核蛋白体外无其他细胞器，在生物学分类上属于原生生物界中的原核细胞型。
一、细菌的形态
细菌的种类很多，形态各异，但归纳起来，基本上只有三种形状，即球形、杆形和螺形。
二、细菌的基本结构
细菌由细胞壁、细胞膜、细胞浆和核质核成。细胞壁的主要成分为肽聚糖；细胞膜的主要成分为磷脂，细胞浆中的主要成分是水、蛋白质、核酸和脂类物；核质的主要成分为DNA。在病理技术中，与病理技术相关的是细菌的细胞壁，细胞壁上结构的变化是将其显示出来的关键。
三、细菌的特殊结构
细菌除了上述的基本结构以外，能够显示出各种细菌的特性和形状的是他的特殊结构，根据细菌的特殊结构，就可以辨认出不同种类的细菌素。它的特殊结构是鞭膜、鞭毛、菌毛、芽胞。
四、Warthin-Starry法显示幽门弯曲菌
（1）操作方法：
结果：胃腺上皮或腺腔内表面，胃幽门弯曲菌显示棕黄至棕黑色，HP可散在出现，也可成团出现，其余组织及背景显示棕黄*色。
五、甲苯胺蓝染色法
结果：在胃粘膜腺上皮表面，腺腔内均可见到幽门螺杆菌（HP），有的呈弯曲杆状或逗点状，HP可散在出现，也可成团聚集出现，这要根据不同病例而异。
试剂的配制：
称取0.1g甲苯胺蓝，溶于100ml 0.1M醋酸盐缓冲液中，置室温5天后，即可使用染液于室温下可保存3个月，若放于4℃冰箱则可保存半年左右，但该液的染色效果在早期为最佳，若染液存放时间较长，则染色偏淡，应适应延长染色时间。
试剂配制：
1、醋酸缓冲液（PH3.6）
2.1%硝酸银液
3.对苯二酚液
4. 明胶液
明胶加入缓冲液后,用热水液促其溶解,或者放入37℃培养箱中过夜,禁用明火直接加热,因其容易热糊。
5．2%硝酸银液
6.显影液
(3)注意事项：
1．所有用于本法中的浸染液，都须预热60℃。
2．该法最早应用于螺旋体的染色，1983年，我们应用此法于胃幽门弯曲菌的染色，获得成功，现在该法是染幽门弯曲菌的最好方法，虽然操作较为复杂，但效果最好，经与其它几种方法的对照证明，应用本法能获得最好结果。
3．如果显影时间过长，切片颜色过深，切片深黑一片，可用1%亚铁氰化钾处理切片。
4．临床应用
（1）用于胃幽门螺杆的显示
（2）用于莱姆病（lyme fisease）的诊断，莱姆病是由Borrelia burgdor feri螺旋体所致的一种多系统性疾病，镜下见血管周围以淋巴细胞为主的炎细胞浸润，也可有浆细胞和嗜酸性粒细胞，用Warthin-Starry银染法可显示。
六、Wade-Fite氏抗酸菌染色法
结果：麻风杆菌，结核杆菌呈鲜红色，细胞核蓝色。
试剂配制：
A液： 碱性品红 5 g
无水酒精 50ml
B液： 苯 酚 5 ml
蒸 馏 水 95ml
临用前取B液9ml加入A液1ml，混合均匀后，用滤纸直接滴于切片上。
注意事项：
1．应用的苯酚（石炭酸）品红液应分开贮存。临用前混合在一起，这样可保证每次染色所显示的细菌着色的鲜艳度，且可延长染液的寿命。
2．切片最好用硅化片，以增加切片的附贴度，以避免在用硫酸反复分化时导致切片的脱落。
3．切片采用松节油和汽油混合液脱蜡，是为了保存细菌的类脂质不受到破坏，但松节油和汽油脱蜡不如二甲苯，因此脱蜡时间应充分，如在冬天，脱蜡时间还需延长。
4．苯酚品红液容易发生沉淀，沉淀颗粒如果在切片上，就会影响读片的效果，染液用前必须过滤。
5．核染色时间不宜过长，染完后不须用酸性酒精分化，用酸性酒精可将已着染的红色脱去，导致染色的失败。同理，切片也不能经酒精脱水。
七、Grocott-Gomori氏六胺银改良法显示真菌
结果：星型隐球菌被染为深黑色，菌壁四周深黑，中间为空白区，背景为红色；曲菌的孢子和菌丝均被染为深黑色，孢子四周黑色，中间也为一空白区，菌丝呈多结节分布，呈45度角分枝，有的如散花状分布，其它菌丝显示黑色。
试剂的配制：
[Ⅰ] 氧化剂原液： 重铬酸钾 10克
硫酸 10ml
蒸馏水凑足100ml
先将重铬酸钾溶于少量蒸馏水中，再加硫酸，最后用蒸馏水凑足100ml。
临用前用淡原液配成工作液，即可使用。
[Ⅱ]六氨银工作液
5%硝酸银水溶液 2.5 ml
5%四硼酸钠水溶液 2.5 ml
3%乌铬托品水溶液 12.5 ml
蒸馏水 12.5 ml
先将蒸馏水与乌铬托品水溶液混合在一起，再加入硝酸银水溶液，此时将呈现乳白色，搅拌后即可消失，加入四硼酸钠水溶液后，即可使用。
注意事项：
1．该法的主要原理是利用铬酸氧化真菌菌壁的多糖化合物而暴露醛基，醛基将六胺银液中的银还原，成为黑色的金属银。如此，氧化切片成为类键，氧化切片可以有几种不同的方法：
①加热法（上述的方法）
②延时氧化法：即将氧化液稀释，配成2%或5%，然后于室温中氧化过夜。
③微波加热氧化法：将氧化液连同切片于微波炉中加热氧化10-20分钟。
2．浸染切片也可根据不同的种类，采取不同的方法，如加热法，延时法或微波加热法。但浸染程度是否足够，应在显微镜下观察。
八、六氨银法改良法显示组织胞浆菌
结果：组织胞浆菌呈黑色，菌体中央为空白区，于吞噬细胞内，呈现重叠拥挤，状如桑椹。背景为淡绿色或淡红色，视所应用的对比染色而定。
九．病毒包涵体染色法
（一） Macchiavello氏改良法显示SARS病毒包涵体
结果：SARS病毒包涵体于肺组织细胞浆内，呈鲜红色，细胞核呈蓝色。纤维蛋白渗出物呈粉红色，结缔组织呈蓝色。
（二） Giemsa法显示多种病毒包涵体。
结果：SARS病毒包涵体于肺细胞胞浆中呈现鲜红色；合胞病毒，巨细胞病毒包涵体于肺组织的细胞核内，在没有形成包涵体前呈鲜红色，形成包涵体后呈深紫色至蓝色。红血细胞显示绿色。
试剂的配制：
Giemsa粉 2.4g
甲醇 50ml
甘油 50ml
先将Giemsa粉溶于甲醇中，然后加入甘油，混合后放入50℃左右的烤箱中加入热助其彻底溶解。然后放于4℃冰箱中备用。临用时，取0.01PBS40mlGiemsa原液，即可使用。
(三)、Giemsa法显示海蓝组织细胞
I 试剂的配制
取0.01M的PBS（pH7.6）40ml，加入Giemsa原液1ml混合均匀后即可使用。
II 操作方案
结果：海蓝组织细胞胞浆可见到充满海蓝色小空泡，有的可见到海蓝色子颗粒。
注意事项：
（四）、伊红和甲基蓝显示合胞病毒和巨细胞病毒包涵体。
结果：合胞病毒和巨细胞病毒包涵体着染深蓝色或绿色。于细胞核内，胶原纤维着染浅蓝绿色。SARS病毒包涵体不着色。
十、小结
病毒非常微小，最小的约为20nm左右。因而用一般的光学显微镜是无法观察到它的，从病理技术的角度，也就无法对它们进行鉴定了。但是当它们进入机体，形成包涵体后，就可以根据它们的所在部位和形态，应用不同的特殊素对它们进行显示和确定。当然鉴定病毒主要还要靠电子显微镜和其它生化手段。如鉴定SARS病毒时，于电镜下可见部分扩张的滑面内池内有群集的，大小较一致的病毒颗粒，表面有细小的花冠状微粒，病毒颗粒大小约为70-90nm。上述所应用的几种不同的特殊染色方法，对已形成的几种病毒包涵体的显示，经反复实验证明，是比较好的方法。
病毒属于一类非细胞结构，无自主繁殖能力的微生物，它必须依所侵蚀所寄宿的宿主细胞提供高分子合成装置和能量，它的基本结构是由核酸和蛋白质构成，当它们被融合在一起形成一小体后，方能在光学显微镜下被观察到，这些小体依其属性存在于细胞的不同部位，这些小体通常被称为病毒包涵体。
病毒种类很多，由它侵蚀机体并形成包涵体的种类也有不同，经研究发现由两类物质所构成一类是由DNA所构成属于碱性，在HE染色过程时呈深蓝色，位于细胞核内，包涵体的四周为空白区，造成这种现象的主要原因是病毒为了保存自己而形成的，病毒包涵体形成需要四个阶段：一是侵入阶段，病毒通过吸附，穿入等手段进入细胞核，二是大量繁殖，复制并完全控制细胞核阶段，整个细胞核均匀一致的颗粒所覆盖；三是收缩防守，构筑堡垒的阶段，分散于整个细胞核中的病毒逐步收缩集中建立起自身的桥头堡，并将细胞核逐步挖空，此时细胞中的骨架被损坏，细胞逐步变形；四是包涵体完整成形阶段，此时细胞核中间有一独立的圆形小体，四周被挖空，跟细胞的其他部分没有联系，形如孤岛，由于它的构造特殊，与外界失去联系，因而治疗此类病毒的药物无法达到，导致药物治疗效果不佳。合胞病毒和巨细胞病毒等属于这一类病毒，它们由DNA构成，应用Macchiavello氏改良法显示其包涵体效果不好，应用Giemsa在PH7.6和9.5时效果好，应用伊红和甲基蓝显示效果也很不错。另一类病毒包涵体则由RNA所构成，呈嗜酸性，位于细胞浆中，在HE染色中包涵体呈淡粉红色，SARS病毒等属于这一类。它们的包涵体的形成也要经历几个阶段，即进入构筑堡垒和包涵体形成三个阶段。当它们以吸附等方式进入机体后，于细胞浆寄宿下来，为了不暴露自身和保护自己，除借用细胞中的装置复制病毒外，还分泌毒素，将周围的蛋白质融合，形成包涵体。至于为什么有的病毒进入细胞核有的病毒进入细胞浆的原因，目前尚不清楚。