普通染色又称常规染色或HE（Haematoxylin and eosin）染色。它是病理技术中最常用的一种方法，通过它可以做出病理诊断和发现寻求别的辅助方法，以达到准确，完整的病理诊断。
一、染色目的
病理学的所有切片，都必须通过一种以上的染料，通过各种不同的方法，将切片中各种不同的物质，在不同染液的作用下，将其显示出来，使之在光学显微镜下，能够完全的观看各种结构。例如，HE染色，好质量的切片可以清晰地显示出许多不同的结构，细胞核着蓝黑色，细胞浆着粉红色，软骨着蓝色等。清晰的结构为诊断提供可靠的依据，因此，染色技术也是病理技术中的重要组成部分，必须不断地总结，方能提高。如果染色不好，切片染色一团糟，红蓝不分，结构不清，层次不明，影响了镜下的观察，直接影响了临床诊断，染色结果的好坏直接关系到诊断的准确性。
二、染色的作用
1．化学作用：所有的染色液中，可把它们分为两种类型，一种为酸性，另一种为碱性。酸性染料中有染色作用的为阴离子；碱性染料中有染色作用的为阳离子，每个细胞也存在着两种物质，细胞核含的是酸性物质，细胞浆含的是碱性物质。在染色时，细胞核中的酸性物质与苏木素染液中的阳离子发生作用，细胞浆中的碱性物质与伊红染液中的阴离子发生作用，由于反应的部位不同，结果着色有异。
2．物理作用：在染色过程中，染液中的色素微粒子浸入到被染组织的粒子间隙内，此时，因受分子的引力作用，色素微粒子被吸附而着色。由于各种组织有不同的吸附能力和不同的吸附程度，因此就可显出来不同的颜色来。
一般来说，染色的学说还有许多，但说服力强的仅有上述两种。但不管怎么样解释，实际上完成的每一种染色，都与上述两种学说分不开，它们的作用是相辅相成，同时存在的。
三、染色方法及步骤
1．人工苏木素，伊红染色法（HE法）
结果：细胞核被染成深蓝黑色；细胞浆被染成粉红色；软骨及钙盐被染成蓝色；胶原纤维染成淡粉红色，嗜酸性细胞及嗜酸性颗粒呈鲜红色；弹力纤维呈淡粉红色；某些蛋白性物呈粉红色等。
染色时的注意事项：
(1)切片用二甲苯脱腊，应视不同的季节有不同的脱蜡时间，在夏天，室温较高，脱蜡较迅速，往往在2-3min就可脱蜡干净，二在冬季，时间应相对延长。
(2)切片在进入二甲苯前，可用电吹风吹切片，使切片上的蜡处于熔解状态，这样脱蜡较迅速，尤其是冬天，此法更可行。
(3)切片上的蜡一定要清除彻底干净，否则将影响染色，造成切片染色不均的现象。
(4)切片进行无水化处理，这一步骤，一是可增加切片的附帖，二是可延长苏木素的使用寿命。切片用二甲苯脱蜡后，不能直接水洗，因二甲苯不溶于水，必须经过酒精，酒精可溶解二甲苯，又能与水混合，按照以前教科书的要求，切片在整个染色过程中，都不要让其干燥。经过多年的实践及经验，笔者认为，切片用酒精将二甲苯彻底消除后，在进入苏木素染液前，可用电吹风吹干，这一步对于切片没有充分的烤片时间，对于血块等的切片来说，尤为重要，切片经此步骤，增加了附贴的牢固性，减少切片在染色过程中脱离载片的机会，保证了染色的成功率。另者，切片进入苏木素染液全无水，可保证了苏木素染液的浓度和PH值，延长其使用寿命。以往切片进入苏木素染液前，都须经水洗，每次染色，都带入不少的水分，稀释了苏木素染液的浓度，改变了它的PH值，使染液寿命缩短。
(5)切片无水化除了用电吹风外，还可用火烧，切片用90%酒精洗后，取出切片，用火轻烧，也可达到切片的无水化。火对切片有损害吗？否，经实验证明，切片火烧时最高温度为80℃左右，对切片没有影响。用火烧时必须彻底清除二甲苯，因为二甲苯燃烧时可产生浓烟，如果存留于切片，将会影响观察。当然，用火时应特别注意防火，因为病理技术室的大部分试剂都为易燃品。
(6)苏木素染液中的最佳染色时间，确切地回答还是比较困难的，因为各种组织都有不同的染色时间，核的染色时间从30sec至15min不等。对于核的染色，为了充分地显示各种核染色质，一定要过染，尤其对于初学者来说，更是如此。
(7)苏木素染液有多种，常规应用的通常为明矾苏木素，明矾苏木素又有Harris苏木素，Mayer’s苏木素，和Ehrish苏木素等。
(8)盐酸酒精分化切片，浓度有0.25%,0.5%和1%根据各人的情况而使用。这一步主要是将过染的颜色及不该染的染色去除掉，这一步要掌握得当，必须靠经验，核的染色清楚与否靠分化这一招，分化过度，核染色淡，分化不足，核染色质一团，分不清。初学者应于显微镜下控制分化程度。
(9)水洗蓝化，也可用温热水来促使切片蓝化，可用氨水，碳酸锂等化学药品来促蓝，虽然如此，自来水冲洗蓝化切片是最好的，这对于切片的保存较为有利。
(10)伊红酒精浓度有0.25%,0.5%和1%之分，根据各单位的情况而定。切片一放入伊红染液，即可马上着色，但是，要染好切片，必须染够染足时间。
(11)分化伊红须用浓度较高的酒精，以往伊红染色以后，用低浓度的酒精分化，洗去多余的染液，实践中发现低浓度的酒精褪色能力特强，如果掌握不好，染上的伊红，便会被褪去大部分。改用较高浓度酒精后，这种现象便不会出现。
(12)作为切片脱水剂的酒精，要经常更换，尤其是无水酒精，更要保持其无水性。否则切片脱水不干净，含有水份就会褪色。切片取出后，不能令其干涸，即刻进行下一步。
(13)碳酸二甲苯，对于南方地区来说，是一种很有用的试剂，碳酸吸水性强，用它可加强脱水，它是二甲苯与酒精之间的缓冲剂，切片经此试剂后更加透明和光亮。有人认为碳酸为一种弱酸，切片用它后可能会褪色，这种担心是多余的，切片褪色，最主要是切片本身含有水份所导致。根据我们的实验，82年的切片经碳酸处理后，17年来颜色仍然保持鲜艳就足以说明。
(14)二甲苯须换三次，以确保切片的透明度，这对于切片的观察和保存，都大有好处。
(15)封片时要做到：切片从二甲苯取出后，不使切片干涸。如果干涸，由于空气潮湿，封片时就保证不了切片的无水。如果切片上保留着一定量的二甲苯，二甲苯的特性不溶于水，它的存在使切片与空气隔开，切片无法跟潮湿空气接触，就可保证切片的无水，这时及时滴上中性树胶，切片就能完好地封好。
(16)封片用的中性树胶，不能过稠，也不能过稀，过稠胶难以伸展开，并容易产生气泡，影响封片的速度。过稀是因胶中含过多的二甲苯，封完切片后，胶一收缩及二甲苯挥发，切片就不能被完全封盖上，这都影响切片的质量。
2、自动染色机染色方法及步骤
自动染色机应用于病理切片的染色是近几年的事情，目前国内仅有少数单位拥有自动染色机，南方医院自1997年引进英国Shandon公司研制的Varicstain TM xy多程序全自动染色机以来，已完成活检HE染色和脱落细胞染色。
应用该机染片的优点
根据我们的应用情况，现将我们的染色程序列表如下：
自动染色机工作程序一览表
| 水 21（6+1） 10-30sec 15min |
90% 6 30sec |
95% 5 30sec |
100%alc 4 30sec |
100%alc 3 30sec |
二甲苯 2 3min |
二甲苯 1 5min |
| 水 20 20sec |
苏木素 7 10-15min |
伊红 8 3min |
90%alc 9 30sec |
95%alc 10 30sec |
95%alc30sec | 100%alc30sec |
| 盐酸酒精 19 10sec |
二甲苯 18 2min |
二甲苯 17 2min |
二甲苯 16 1min |
碳酸二甲苯 15 1min |
100%alc 14 2min |
100%alc 13 1min |
注意事项
3．酒精灯加温快速染色法及步骤
该法可用于临床快速冰冻切片，快速石蜡及某些快速诊断的切片。它不象常规染色法那样，各种步骤都需要一定的时间。快速染色不但要求要快，而且染色质量要好，否则将给诊断造成困难。
①所有切片包括冰冻切片和石蜡切片都须用电吹风吹，使切片附贴牢固。石蜡切片还须经过快速脱蜡，切片经电吹风吹一定时间后约（1min左右），即刻浸入二甲苯，此可见成片的石蜡溶解于二甲苯中，取出切片再用电吹风吹，然后再浸入二甲苯，如此反复2-3次，石蜡即脱干净，酒精洗后，继用电吹风吹干。
②用滴管滴染苏木素染液于切片上，在酒精灯上加热染色。加热时要来回移动切片，不要在一个点上加热，否则染色不均匀，一点加热的地方容易将切片掀起来，导致切片脱离载片。当加热的苏木素染液有蒸汽出现时，即可停止染色（时间约为30sec-1min）。
③倾去余液，急洗，速分化，水洗。将切片浸入70℃左右的热水中返蓝约30sec-1min。
④速染伊红，切片浸入伊红液即可，后速往下酒精至切片封固，整个染色过程约4min左右，其结果与常规法同。
4．超声波快速染色法及步骤
①切片处理同3法①。
②用一小烧杯，将入苏木素染液，浸入超声波的工作范围内，开动超声波计时表30sec，染色即可完成。
③取出切片，速水洗，分化，浸入热水或于超声波工作范围内超声20sec，速染伊红直至封片。
结果同常规染色法
两种快速染色法染色时的注意事项：
①切片要附贴牢固，薄切片是很重要的，如果切片过厚，加热染色时，切片容易翻起脱离载片，导致染色失败。
②超声波快速染色原理见（超声波快速石蜡制作程序）。