切片的烘烤看似简单，只在烘烤箱或干燥箱一放，让其烘烤就行了，但从某种意义上讲，它也是一个关键，如果切片烘烤不好，到染色的时候，便会使切片脱离载玻片（掉片），使整个过程毁于一旦，因此，认真烤好切片是制好切片的前提。怎样才能使切片烘烤得好呢？我们的做法如下：当切片裱于载玻片后，于烘烤箱边竖立起来，控干水份，然后平放于烘烤箱的烤板上烘烤，温度可调至70℃。当最后一个蜡块切完后，前面的切片也烤得差不多了。
关于切片的烘烤，尤其是需做免疫组化切片的烘烤，要特别的注意对抗原的保存，使它们能在合适的烘烤切片时间内既不受到破坏，又能尽量地显示出现，经多组多次的实验认为，温度和时间是极为重要的。温度过高能使蛋白变性，抗原失活至丧失，时间过长，也会致使其失活和丧失。最初有人主张切片在60℃以下烘烤30-60min，然后进行染色，依此法进行实验，结果切片脱片率高，切片松动的占100%，由于切片附贴不牢，染色时不敢用PBS充分冲洗，造成背影染色加深，鉴别特别困难。又由于脱片严重，重染次数增多，延误了诊断，也造成年人力物力的浪费。究竟什么样的温度及时间才能做到既使切片附贴牢固，又不会对抗原造成影响的呢？经实验证明：切片在60℃恒温箱中连续烘烤3-5小时最为合适。这种时间和温度烘烤出来的切片，可以用于抗原修复，PBS的冲洗，可满足做免疫组化的一切需要。切片在上述的烘烤时间和温度是否对抗原有影响呢？笔者认为，不必为此而担心。因为活检组织块浸蜡时，浸蜡箱的温度都调在65℃左右，组织块在这样的温度中起码要浸泡2小时以上，才能达到浸蜡较为彻底的要求。组织中的抗原，经过65℃的考验，保留下来的，基本上都已具有耐热性，因此，几小时的烘烤，不会对抗原有影响，实验证明，上述的理论完全正确。