随着科技的发展，组织块的包埋由简单的人工包埋转向用机器的半自动包埋。
石蜡包埋机包埋法：
1、 打开电源总开关，让包埋机处于工作状态。
2、 调高温度，让包埋蜡温至65度左右。
3、 打开冷冻台。
4、 取出包埋模型，由脚踩踏或手控出蜡制，注入少量的石蜡后，挟入组织块，小的多块组织应放在一起，大块组织应压平，管状和皮肤组织应竖起来包埋，然后再压上包埋盒，包埋盒上再注入少量石蜡，包埋完后，将其置于冷冻台上，旁边备有一盒冷水，当冷冻台上的包埋块表面出现凝结时，迅速将它放入水中，然后取出蜡块，修削去周边的余蜡，按顺序排列好于4°C冰箱或冰格中冻起来备用。
传统包埋法
1、将包埋框合成模型槽，注入石蜡。
2、 打开组织块脱水盒，取出组织块，把平整的一面朝下，用镊子轻压，保持在一平面上。
3、 每包埋完一块组织块，即将标签附上，以防出错或张冠李戴。
组织包埋时的注意事项
1、传统包埋使用的镊子、包埋框，都必须放于40°C的恒温箱内，否则在没有暖气设备的冬天，熔化的石蜡遇到冰冷的器械回马上凝固，影响包埋。
2、 传统包埋法使用的包埋框有多种，如铜和铝制品，但以铜的为优，因铜的散热较快。
3、 包埋的石蜡温度不宜过高，否则注入模型时，会四处溢流。
4、 组织块本身的蜡不能凝固，如果凝固了，应放回重新加温，使其熔化，否则会影响切片，或整块崩出，破坏组织块。
5、 包埋完后，应待蜡块完全凝固，方可放入水中，否则未凝固石蜡会被水挤走，漂浮于水面，造成包埋块蜡块的缺损。
6、 小的多块的组织应包埋在一起在一水平面上，否则切片美观度不好，深浅不一的包埋会使有的切上，有的切不上或被修削去。