组织经过一系列酒精的处理后，虽然组织里所含有的水分已基本上被脱去，但是组织脱水时机里可残留着许多酒精，如果不将其去除掉，必然影响组织的进一步处理，酒精不能溶解石蜡，必须寻找一种既能与酒精混合，又能溶解石蜡的试剂，方能使石蜡浸入到组织中去，这类物质被称为透明剂。它们是二甲苯、苯、三氯甲烷（氯仿）、香柏油、苯酚、松节油和汽油等。虽然透明剂种类多，但根据性能及效果看，还是二甲苯为最好。
二甲苯是一种透明无色的液体，挥发性强，打开后即可闻其味道，能溶解石蜡，能溶于酒精及丙酮等，但不能溶于水，它是一种良好的透明剂，组织经充分脱水后放入该试剂，视组织的大小、种类的不同，确定不同的时间，便能达到透明目的。在一般的情况下，胃、肠粘膜透明时间5-10分钟，鼻咽部及排出物为15-20分钟左右，子宫肌瘤、平滑肌组织为60-120 分钟。总之组织的透明，应视组织的大小而定，不能千篇一律，要经常观察组织的透明情况，组织一经透明，就必须从二甲苯中取出。因为二甲苯对组织的硬化程度特强，如果在其放置过长，就会引起组织的硬脆，难切片。如果组织在二甲苯放置到一定时间后，仍没有达到透明，组织块中间可出现粉白色的现象，这说明组织没有完全脱水，处理这种情况有两种方法，一是将其重新放入酒精脱水，然后再透明，这种方法处理的组织很硬，切片较难。另一种方法就是重取材。如果将没脱水好的组织继续做下去，切片将不完整。或者无法切片。
二甲苯及苯类物质被认为是一种致癌性的物质，许多单位和个人都不敢用或尽量少用，或者在切片染色至酒精后，将切吹干就进行封片，这种做法是非常糟糕的，以往切片的整个制作程序都强调不要使切片干涸，上述做法将会影响切片颜色的保存。其它的透明，由于作用较为缓慢，不适应于临床活检，但为了某些研究，也可以使用一些缓慢性的透明剂，如此可使切片较为舒适，效果较好。